Joules Kondé (43.) und der frühere Bayern-Star Robert Lewandowski (59.) nach Vorarbeit des zuletzt verletzten und am Sonntag eingewechselten Lamine Yamal trafen für die Mannschaft Flicks.
Alvaro Odriozola, 2020 ebenfalls kurz bei den Bayern aktiov, hatte die Gäste in Führung gebracht (31.).
Real Madrid verliert deutlich
Am Samstag hatte Real 2:5 (2:2) bei Atlético verloren. Trainer Xabi Alonso ging anschließend hart mit seinen Stars ins Gericht.
"Es gibt keine Ausreden", sagte der frühere Leverkusener Meistercoach: "Es war ein schlechtes Spiel, es tut weh. Wir haben nicht genug gekämpft. Ich hätte mir in allen Bereichen ein höheres Niveau gewünscht."