Almeida hatte bei einem Sturz am Freitag einen Rippenbruch erlitten, war aber zu den folgenden Teilstücken angetreten.
In Almeida fehlt Titelverteidiger Pogacar in seiner Mannschaft UAE Emirates-XRG nun eine wichtige Stütze, wenn das Peloton am Montag die Berge erreicht.
Der 26-Jährige – der ebenfalls als begnadeter Rundfahrer gilt und in diesem Jahr bereits drei Gesamtsiege eingefahren hat – war als einer der finalen Helfer Pogacars eingeplant gewesen.
Auch auf Pogacars deutschen Teamkollegen Nils Politt kommt nun voraussichtlich mehr Arbeit zu.